Мікроорганізми в порожнині рота відіграють активну роль у підтриманні здоров'я порожнини рота. Вони утворюють важливу біоплівку, яка еволюційно розвивалася паралельно з розвитком людини. Отже, здоров'я залежить від крихкої рівноваги між бактеріями, які постійно присутні в порожнині рота, та «шкідливими» бактеріями, що потрапляють у це середовище і в разі переважання спричиняють захворювання. Найпоширеніше захворювання порожнини рота (карієс) пов'язане з наявністю вуглеводів, які є їжею для бактерій, що живуть у кислому середовищі (Streptococcus mutans і Lactobacillus). Вони порушують рівновагу в бактеріальній біоплівці й унаслідок цього спричиняють розчинення твердих тканин зуба.

З огляду на це виникла ідея впливати на бактерії всередині «власної» біоплівки, щоб досягти її більшої стабільності й таким чином зменшити ймовірність розвитку хвороботворних бактерій. Під бактеріальною терапією розуміють процедуру, під час якої в мікрофлору пацієнта вводять нешкідливий і активний чинник, який своєю дією позитивно впливає на «добрі» бактерії та негативно — на патологічні, або «погані», бактерії. Бактерії, яким приписують таку здатність, називають пробіотиками. ВООЗ, або Всесвітня організація охорони здоров'я, визначає їх як живі мікроорганізми, які в достатньо великій кількості можуть допомагати сапрофітним, тобто «добрим, власним», бактеріям. Це неперетравлювані компоненти певних харчових продуктів, які завдяки вибірковій стимуляції бактерій у біоплівці приносять користь організму-господарю (людині).
У багатьох дослідженнях уже доведено позитивні ефекти пробіотиків у разі діареї, астми, екземи… Питання їхнього впливу на здоров'я порожнини рота все ще залишається відкритим, однак з'являються чіткі орієнтири щодо того, що може бути корисним, а що — ні.

Ще 1900 року лауреат Нобелівської премії Мечников висловив твердження, що деякі безпечні мікроорганізми позитивно впливають на здоров'я. Це були бактерії, грибки або плісняві гриби, які назвали пробіотиками (pro bios; грецькою — «для життя») і які містяться в йогурті, кислому молоці та сирі; їх також можна виявити в людини. Пробіотичні бактерії належать до лактобацил і біфідобактерій, які також є складовими нормальної мікрофлори людини. Механізм дії пробіотиків вивчений недостатньо добре, однак вони мають місцеві й системні ефекти. Вони пригнічують ріст збудників захворювань, виробляють бактеріоцин і перекис водню, який також має бактерицидну дію, стимулюють і модулюють природну імунну систему та конкурують із патогенними бактеріями за життєвий простір. Механізми дії відрізняються у різних видів пробіотиків, а з іншого боку, ті самі види можуть мати різний ефект у різних людей. Деякі механізми дії в порожнині рота наведені в таблиці нижче.
 
 
Lactobacillus rhamnosus Молоко, йогурт, сир Блокує S. mutans, зменшення карієсу
Lactobacillus reuteri Цукерка, жувальна гумка Зменшення зубного нальоту, протизапальна дія
Lactobacillus paracasei Харчові добавки Блокує S. mutans
Lactobacillus plantarum Фруктові соки Пригнічує карієсогенні бактерії
Lactobacillus salivarius Таблетки Зменшує запалення ясен
Bifidobacterium lactis Йогурт Блокує S. mutans у слині
Streptococcus salivarius Цукерки Зменшує неприємний запах із рота
Weisella cibaria Ополіскувачі для порожнини рота Зменшує неприємний запах із рота та кількість нальоту

Пробіотичні бактерії не присутні в організмі людини постійно: їх можна виявити лише приблизно протягом тижня після вживання продуктів, які їх містять. Це означає, що для їхньої дії постійна колонізація не потрібна.

Протягом останніх двадцяти років було проведено кілька досліджень, у яких переважно вивчали вплив пробіотичних бактерій на кількість Streptococcus mutans у слині, частоту гінгівіту (запалення ясен) і кількість зубного нальоту в учасників досліджень (молодих дорослих і дітей). У дослідженнях також порівнювали дію хлоргексидину як найчастіше застосовуваного засобу в ополіскувачах для порожнини рота з дією пробіотичних бактерій на появу нальоту та запалення ясен. У всіх дослідженнях було виявлено позитивні ефекти пробіотичних бактерій; особливо цікавим було спостереження, що ці ефекти були навіть сильнішими, ніж при застосуванні хлоргексидину. У таблиці наведено результати деяких досліджень.
 
Вік учасників Спожитий продукт Тривалість дослідження Вид пробіотика Ефект
12–16 років Йогурт 2 тижні Біфідобактерії Зниження S. mutans
12–15 років Молоко 2 тижні L. rhamnosus Кількість S. mutans без змін
6–8 років Розчин 2 тижні Bifido/ L. acidophilus Менше нальоту та гінгівіту порівняно з дією хлоргексидину
12–14 років Морозиво 10 днів Bifido/ L. acidophilus Зниження S. mutans
7–14 років Порошок 14 днів L. rhamnosus/ bifido Зниження S. mutans
4–12 років Краплі 25 днів L. reuteri Зниження S. mutans

Дослідження, які вивчали вплив пробіотиків на виникнення або зменшення карієсу в дітей, також відзначали позитивні ефекти пробіотиків. У Фінляндії було опубліковано перше дослідження, у якому 594 дітям віком від одного до шести років давали пробіотичне молоко (L. rhamnosus) чотири рази на тиждень протягом семи місяців. Результати показали істотне зниження активності карієсу порівняно з контрольною групою, яка отримувала звичайне молоко. Зниження становило приблизно 21%, а при окремому аналізі групи дітей віком від трьох до чотирьох років — навіть 56%. Інше подібне дослідження було проведене у Швеції, охопило значно більшу кількість дітей і додатково підтвердило висновки першого дослідження.